במסגרת חקירת פרשת השחיתות בשירות הציבורי בה מעורבים בכירים בישראל ביתנו ערכה המשטרה חיפוש במשרדי החטיבה להתיישבות, במהלכו הוחרמו מסמכים הקשורים ככל הנראה למפלגת ישראל ביתנו- והחוקרים דרשו לקבל תדפיסים המתעדים העברות כספים לחטיבה להתיישבות ממשרדי הממשלה השונים.
כתבנו הפוליטי גואל ועקנין מציין כי חברת הכנסת סתיו שפיר מהעבודה שמתחה ביקורת על התנהלות החטיבה להתיישבות במשך כל תקופת כהונתה בכנסת הנוכחית טענה היום כי כשאין שקיפות- יש שחיתות.